エントリ削除に際し、レファレンスや空のエントリを残してしまう場合があります。
次のスキャンで削除されますが、レジストリの構造によっては2回以上このプロセスが繰り返されることもあります。
対策は以下の2点です。

1. レジストリ　スキャン/クリーンアップをエラーが約10件になるまで繰り返し実行する。何度も行うことで、その都度クリーンアップの速度が速くなります
2. レジストリ スキャンを定期的に実行する（最低でも毎週、頻繁にPCを使う場合は毎日）