iPodCopyは、iPodのデータをiTunes/PCにダウンロードするための機能を提供しています。
iPodからのデータ転送に失敗しても、iPodのデータが消えることはありません。

iPodCopyは、iPodへの書込み処理は行いません。iPodへのデータの書込み(アップロード)は、iTunesを使用します。

iPod上のデータにアクセスできなくなる可能性として、以下のことが考えられます。
1. iTunesのオプション設定でiPodと同期する設定になっている場合、iPodをPCに接続すると自動的にiPodの内のデータは、iTunesのデータ(新規インストールした場合には、空デーダ)と同期されるために、iPod上データは喪失します。
*自動同期による喪失されたデータを復旧はすることはできません。

*自動同期が開始される前に、iTunesから確認メッセージが表示されます。これに'はい"と答えることで同期されます。

2. iPod内のディスクの障害によるもの
iPodをディスクとして、マウントしてエクスプローラでアクセス、ディスクチェックなどを行うことで回復できる場合もありますが、データが喪失されることがあります。
Windows2000などでは、iPodのUSB接続を外す前に、確実にデバイスの切断処理を行ってください。